Eesti teaduste akadeemia juures jätkavad tegevust järgnevad teadusseltsid ja ühendused, kellega on sõlmitud assotsiatsioonileping:
Akadeemiline põllumajanduse selts (APS)
Asutatud 1920, assotsieerunud akadeemiaga 6.03.2018
Eesti akadeemiline orientaalselts (EAO)
Asutatud 1935, assotsieerunud akadeemiaga 12.06.2018
Eesti akadeemiline usundiloo selts (EAUS)
Asutatud 2006, assotsieerunud akadeemiaga 16.06.2011
Teadusajaloo ja teadusfilosoofia Eesti ühendus (TTEÜ)
Asutatud 1967, assotsieerunud akadeemiaga 4.02.1998
Eesti noorte teaduste akadeemia (ENTA)
Asutatud 2017, assotsieerunud akadeemiaga 14.12.2021