Eesti teaduste akadeemia juures jätkavad tegevust järgnevad teadusseltsid ja ühendused, kellega on sõlmitud assotsiatsioonileping:
Akadeemiline põllumajanduse selts (APS)
Asutatud 1920, assotsieerunud akadeemiaga 6.03.2018
Eesti akadeemiline orientaalselts (EAO)
Asutatud 1935, assotsieerunud akadeemiaga 12.06.2018
Eesti akadeemiline usundiloo selts (EAUS)
Asutatud 2006, assotsieerunud akadeemiaga 16.06.2011