Akadeemia juures võivad tegutseda asutused, millel on oma eelarve ning mille funktsioonid ja tegutsemise alused kehtestatakse asutuse põhimääruses. Akadeemia juures tegutseb kaks asutust:
Akadeemiaga võivad assotsieeruda tema struktuuri mittekuuluvad teadus-, arendus- ja kultuuriasutused ning teadusseltsid, kelle tegevus ja eesmärgid on kooskõlas akadeemia tegevuse ja eesmärkidega. Asutuste assotsieerumine akadeemiaga toimub kahepoolse lepingu alusel, milles sätestatakse assotsieerumise eesmärgid, mõlema osapoole ülesanded ja kohustused. Akadeemiaga assotsieerunud asutuste tegevuse ülevaated avaldatakse traditsiooniliselt akadeemia aastaraamatus.
Alates 1998. aastast on akadeemia sõlminud assotsieerumislepingud järgmiste asutustega:
Eesti keele instituut (EKI)
Eesti kirjandusmuuseum (EKM)
Eesti kunstimuuseum (KUMU)
Eesti taimekasvatuse instituut (ETKI)
Tallinna ülikooli akadeemiline raamatukogu (TLÜAR)
Lõppenud assotsiatsioonilepingud: Eesti põllumajandusülikooli zooloogia ja botaanika instituut, Tallinna ülikooli ökoloogia instituut, Tallinna ülikooli rahvusvaheliste ja sotsiaaluuringute instituut.