Autasu on asutatud 2016. aastal teaduse tippsaavutuste ja uute ideede valdkonna- ja piiriülese leviku toetamiseks ning teadlaste ühiskondliku missiooni tunnustamiseks.
Endel Lippmaa nimelise mälestusmedali ja sellega seotud loengute traditsiooni kaudu soovib Eesti teaduste akadeemia toetada teaduse tippsaavutuste ja uute ideede levikut, aga ka tunnustada ja väärtustada väljapaistvate isiksuste missiooni Eesti ajaloos. Seetõttu valitakse Endel Lippmaa medali saajaks väljapaistev teadus- või ühiskonnategelane, kelle tegevus on oluliselt mõjutanud teaduse või ühiskonna arengut ning kelle tegevuses on tippteadus ühendatud ühiskonna teenimisega.
Mälestusmedali pälvija valib komisjon koosseisus Ene Ergma, Mart Kalm, Jaak Lippmaa, Urmas Nagel, Mart Saarma.
Akadeemik Endel Lippmaa (15.09.1930–30.07.2015) oli üks Eesti teaduse ja poliitika suurkujusid ning on senini üks tuntumaid eesti teadlasi maailmas. Legendaarselt terava, laiahaardelise ja võimeka isiksusena panustas ta Eesti iseseisvuse taastamisse ja vaba ühiskonna ülesehitamisse, mõjutades ja kujundades pikka aega meie riigi arengut.