Akadeemia juures tegutseb kaks eraldi asutust:
- Eesti Teaduste Akadeemia Underi ja Tuglase Kirjandusinstituut on teadus- ja arendusasutus, mis teostab interdistsiplinaarseid ja innovatiivseid alusuuringuid eestikeelse ja Eesti ala mitmekeelse kirjanduse kohta keskajast kuni tänapäevani, paigutades selle Läänemere regiooni, Euroopa ja maailma kultuuri konteksti.
- Teaduste akadeemia kirjastus annab välja seitse rahvusvahelist eelretsenseeritavat avatud juurdepääsuga teadusajakirja, mis on indekseeritud juhtivates rahvusvahelistes andmebaasides.